Il habilite des établissements à délivrer les différents diplômes, ce qui le conduit à donner son approbation sur les maquettes de diplômes. Le ministère peut aussi accorder une forme de reconnaissance à des diplômes délivrés dans l’enseignement supérieur privé. La gestion des formations peut aussi être gérée par d’autres ministères tels que le ministère de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de l’aménagement du territoire, le ministère de l’agriculture et de la pêche ou encore le ministère de la santé.

La plupart des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPCSCP : universités, écoles normales supérieures et presque tous les grands établissements) sont placés sous le contrôle du ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche. C’est également le cas des établissements publics à caractère scientifique et technologique (EPCS), parfois conjointement avec un autre ministère (la Santé pour l’INSERM...).

L’ensemble des composantes de l’enseignement supérieur (autant les établissements que sa population) sont représentées au Conseil National de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (CNESER). Il s’agit d’une instance représentative, consultée par le ministre, ayant également des prérogatives d’ordre disciplinaire dans la communauté de l’enseignement supérieur.

Il s’agit d’un service du MESR qui est chargé d’étudier la faisabilité et les modalités d’applications des décisions politiques prises par le MESR. Elle met également en oeuvre la politique ministérielle. Elle est en charge de l’élaboration et de la mise en oeuvre des formations supérieures (post-baccalauréat). Elle prépare la répartition des moyens financiers et en personnel des établissements d’enseignement supérieur, prépare leur cadre juridique. Elle est responsable de la politique du patrimoine immobilier de l’enseignement supérieur et assure la préparation, le financement, le suivi et l’évaluation des Contrats de Projets État-Régions (CPER) pour ce qui concerne les établissements d’enseignement supérieur.

Elle collabore avec la Direction Générale de la Recherche et de l’Innovation (DGRI) pour l’organisation et le financement des formations et écoles doctorales et pour la politique d’offre nationale d’enseignement supérieur et de recherche universitaire.

Elle est compétente en matière de vie universitaire (conditions de vie, insertion professionnelle), de formation continue et de bibliothèques universitaires. Elle a en charge la formation initiale des enseignants du premier et du second degré. Elle assure la tutelle des établissements publics nationaux relevant du ministre chargé de l’enseignement supérieur. Elle exerce les compétences dévolues au ministre concernant la tutelle et la définition des projets pédagogiques des établissements de formation et d’enseignement supérieur relevant d’autres ministères.